Henry Pius Masinde Muliro alizaliwa katika eneo la Kimilili nchini Kenya, mwana wa Muliro Kisingilie na mkewe Makinia.  Wazazi wake walikufa wakati alipokuwa mchanga na alilelewa na kaka wa kambo, Aibu Naburuku. Baada ya masomo ya shule ya msingi na ya upili nchini Kenya na Uganda, alijiunga na Chuo Kikuu cha Cape Town nchini Afrika Kusini mwaka wa 1949.  Alijiunga na kozi ya Shahada ya Sanaa katika Kiingereza, Historia na Falsafaya Siasa, na alihitimu mwaka wa 1953 akiwa na shahada za na Sanaa na Elimu.  Mwaka wa 1954 alirejea nyumbani na mke wa asili ya Afrika Kusini, na alifundisha kwa muda katika shule ya serikali.  Mwaka wa 1957, alipiga moyo konde kuiacha kazi hiyo ya ualimu na kujiunga na siasa.